Stockholms domkyrkokör har sina rötter i Sankta Clara kyrkokör, Stockholms äldsta kyrkokör, bildad redan 1880 av J. Ludvig Ohlsson. Ledningen för kören togs över av Michael Waldenby 1979 och i slutet av 1980-talet fick kören namnet Sankta Clara motettkör. Våren 2011 blev ytterligare ett namnbyte aktuellt och namnet blev Stockholms domkyrkokör.

Johannes Brahms, Joseph Haydn och W. A. Wozart är bland de kompositörer vars musik passar körens varma och färgstarka timbre speciellt bra. Svensk musik av Oskar Lindberg, Otto Olsson och körens förre ledare Michael Waldenby är ofta förekommande. Eftersom alla sångare uppmuntras att utveckla sina röster individuellt, varierar körens klang från bred och kraftfull till mjuk och skör.

Sedan september 2021 leds kören av Johan Hammarström, biträdande domkyrkoorganist i Stockholms domkyrkoförsamling. Med Johan har repertoaren utökats med mustig anglikansk kyrkomusik och för första gången i Sverige genomfördes en så kallad Evensong i Storkyrkan under Allhelgonahelgen 2021.