Johan Hammarström verkar sedan hösten 2021 som organist och dirigent i Storkyrkan i Stockholm, där han leder Stockholms domkyrkokör och dessutom frekvent framträder i domkyrkoförsamlingens omfattande konsertliv i Storkyrkan, S:t Jacobs och S:ta Clara kyrkor. Dessförinnan verkade Hammarström under 18 år som kyrkomusiker i Västerås domkyrka, från 2014 som domkyrkoorganist och ansvarig för domkyrkans musikverksamhet. Som dirigent för Västerås domkyrkas motettkör har han framfört ett flertal av de större sakrala oratorieverken med kör och orkester såväl som a cappella-repertoar.

Vid sidan av församlingsarbetet bedriver han en aktiv verksamhet som organist, ackompanjatör och dirigent. Han har som orgelsolist spelat bl.a. i King’s College Chapel i Cambridge, i Nidarosdomens i Trondheim internationella konsertserie på den nyrestaurerade Steinmeyer-orgeln, i S:t Paul’s Cathedral i London, i Aarhus domkirke, i S:t Albans Cathedral och på Stockholm Konserthus.

Under 2006–2008 dirigerade han Svenska kyrkans nationella ungdomskör, med vilka han uruppförde Thomas Jennefelts Av någon sedd. Mellan åren 2009–2012 undervisade han även i kördirigering vid Musikhögskolan i Örebro. Numera är han knuten till Musik- och Operahögskolan vid Mälardalens högskola, där han undervisar i orgel.